擁有如此多優點的
硅藻土過濾機是否存在弊端？
硅藻土過濾機包括過濾罐，其特征在于過濾罐硅藻土過濾機濾板上設有進口、出口，進、出口內裝有導液套，每塊濾板的上表面設有負壓槽，負壓槽上面蓋有濾布，進口與濾布上面的空腔連通，出口與濾布下面的負壓槽連通，使用本技術予涂硅藻土速度快、涂層穩固不脫落、不龜裂、過濾面積大、過濾質量好，因為節能、省工、省時、而提高生產效率。
硅藻土過濾可有效濾除濾除水中的大腸菌、隱孢子蟲、賈第鞭毛蟲等細菌、病毒，這一點已為各方所*。過濾同等容積的水,石英砂總重量大，且更換濾料勞動強度大；硅藻土的用量相比就少很多，雖然每次反沖洗后也有損耗，但補充量甚小。硅藻土比砂缸過濾系統更能節省機房面積，在如今的年代里，所以硅藻土過濾機更具實用性。
但是，硅藻土過濾機有如此多的優點外，也存在著一個刻不容緩需要解決的問題，那就是反沖洗后反沖洗水的排放問題。砂缸過濾系統的反沖洗水可以直接排放至雨水或者污水管道，而硅藻土過濾系統的反沖洗水中含有廢棄的硅藻土，雖然目前還沒有排放標準可依，但在設計時通常以設在機房的潛水泵坑與其他廢水混合后提升排至室外排水管道。如此一來，問題來了，含有廢棄的硅藻土的廢水在排放至排水管道后，對環境的影響，對水質的污染有多大？反沖洗后廢棄的硅藻土因為吸附了大量的有機物質及細菌、病毒，直接排放勢必會對環境及水質造成相當大的污染。所以，對大量廢棄的硅藻土進行處理是非常有必要的。
